As atividades de pesquisa do Instituto Humanitas serão desenvolvidas pelos seus grupos de pesquisa integrados em laboratórios de pesquisa e extensão. Os laboratórios serão importantes espaços de integração de pesquisas e pesquisadores, reuniões de trabalho, desenvolvimento de projetos, tornando-se os ambientes próprios do cotidiano das ações do IH. Funcionarão em simultânea articulação com os programas de pós-graduação e cursos de graduação (futuros e atuais) nos quais estarão atuando os pesquisadores-professores, os pesquisadores voluntários e os pesquisadores colaboradores.
De modo geral, as atividades dos laboratórios serão orientadas por dois princípios: Um princípio epistemológico – conceitos, categorias ou noções serão concebidos como operadores cognitivos, sendo ainda ferramentas produtoras de sentidos para os estudos dos fenômenos investigados, bem como para as ações deles decorrentes. Serve aqui a metáfora dos óculos (em Marcel Proust) para se pensar o uso adequado dos conceitos, isto é, podem eles servirem para alguns e para algumas circunstâncias, porém, não para todos os pesquisadores e todas as circunstâncias, devendo ser submetidos a constantes revisões críticas e ao debate interno no IH e com a sociedade.
Igualmente, um princípio prático: os laboratórios serão o espaço da construção de pesquisas e projetos de intervenção nos âmbitos específicos de suas atuações. Nessa dimensão, evidencia-se o caráter de atelier ou de oficina dos laboratórios, como espaço de fabricação de ideias e de artefatos práticos para apropriação e intervenção social.